Михаил Филиппович Дубовенко родился 13 августа 1868 года в селе Самойловка Самойловского района Саратовской области, в семье крестьян-середняков. Родители имели дом, лошадь и корову. Окончил сельскую школу и получил низшее образование (это была следующая ступень после неграмотности).

В 1896 году Михаил принял постриг в Благовещенском Митрофановом монастыре города Воронежа (ныне монастырь не существует).

В 1914 году рукоположен в иеромонаха и, по день ареста, совершал службы в различных храмах. После революции, как служитель культа был лишен избирательных прав и платил большие подоходные налоги.

С 1936 года проживал в селе Дарна Истринского района и последние полтора года служил в храме Крестовоздвижения.
26 января 1938 года иеромонах Михаил Дубовенко был арестован по обвинению в контрреволюционной деятельности, антисоветской агитации местного населения. Был помещен в Бутырскую тюрьму и в этот же день допрошен в качестве обвиняемого.

На вопрос о контрреволюционной деятельности он ответил: «Почти всю жизнь я посвятил на служение Богу и стало быть по своему религиозному убеждению я никогда не был сторонником советской власти».

27 января допрос был продолжен и отец Михаил признал себя виновным. На этом, видимо, допросы закончились

2 февраля на заседании судебной тройки при Управлении НКВД СССР по МО было заслушано дело по обвинению Дубовенко Михаила Филипповича «служитель религиозного культа (поп) с 1914 г., до этого с 1896 г. монах. Не судимый. Церковник и контрреволюционер.» Вынесли приговор – РАССТРЕЛЯТЬ.
Иеромонах Михаил Дубовенко был расстрелян 17 февраля 1938 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.

Упокой, Господи, душу его в селениях праведных!